Külliyenin camii, bedesten, medrese ve kitaplık bölümü günümüzde de varlığını sürdürmektedir. Külliyenin vaktiyle kervansarayı ve imareti olduğu çeşitli kaynaklarda yer almaktadır. Rüstempaşa Külliyesi içinde en belirgin yeri tutan Rüstempaşa Camii, 1553 tarihinde Kanuni Sultan Süleyman'ın damadı Rüstem Paşa tarafından denize hâkim bir tepe üzerinde Mimar Sinan'a yaptırılmıştır.

Bazı terimler ve anlamları;

Medrese:Camiinin otuz metre doğusundadır. 1880'de harap olunca üzerine ahşap bir okul kurulmuştur. Rüştiye ve idadi olarak kullanılan bu yapı Cumhuriyet İlkokulu olarak kullanılmıştır. (Bugün sadece temel ve duvar kalıntıları görülebilir.)

Kitaplık: Camii ve medrese arasındadır. Kare planlı kubbeli bir yapıdır. Binaya ocak ve baca eklenerek sonraları aşhane olarak kullanılmıştır. Söz konusu kitaplık restore edilerek kullanımı elverişli hale getirilmiştir.

Hamam: Medresenin hemen yanındadır. İlk şekli ile kubbeli bir yapı olan hamamın üzeri ahşap bir çatı ile örtülüymüş. Kadınlar ve erkekler kısmı olmak üzere bir çifte hamam şeklindeki yapıdan geriye, sadece taş ve tuğla duvarlardan bir kısmı kalmıştır.

Rüstem Paşa Çarşısı: Rüstempaşa Camii’nin doğusunda inşaatı 1988 yılında tamamlanan bir çarşı mevcuttur.  Yeri Vakıflar Genel Müdürlüğü'ne ait olan bu çarşı toplam 49 dükkandan ibaret olup inşaatına 1986 yılında Vali Dr. Süleyman Oğuz zamanında İl Özel İdaresi'nce başlatılmış, 1988 yılında da tamamlanmıştır. Külliyenin dönem özelliklerini yansıtan mimariye sahiptir.